(1)新生儿的肝酶系统的相对不足，同时排泄能力又差，一些毒性大的抗菌药，如主要经肝代谢的氯霉素、磺胺药，主要自肾排泄的氨基糖苷类、万古霉素、多黏菌素类、四环素类、呋喃类药等均应尽量避免给儿童应用。

　　(2)四环素类(四环素、地霉素、地美环素、多西环素、米诺环素)可与新形成骨和牙齿中所沉积的钙相螫合，从而引起牙齿的色素沉着牙釉发育不全(黄褐牙)，进而易于发生龋齿，故对新生儿或8岁以下儿童禁用。

　　(3)氨基糖苷类抗菌药物(链霉素、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、阿米卡星)  对儿童的肾和听神经有严重损害，年龄越小的婴幼儿其肾功能发育不良而对这些药排泄越慢。因此，常造成药物性肾炎和听神经功能障碍而致耳聋，部分小儿造成永久听力下降和听力丧失。

　　(4)氟喹诺酮类药(诺氟沙星、氧氟沙星、依诺沙星、环丙沙星、培氟沙星、洛美沙星、左氧氟沙星、司帕沙星)最突出的不良反应是对幼年动物的软骨可致损害，使承重的骨关节细胞出现水泡和受损，虽在人类中尚未发现，但少数病例曾出现严重关节痛和炎症。因此，不宜用于骨骼系统未发育完全的18岁以下的儿童。

　　(5)氯霉素类可致再生障碍性贫血、白细胞减少等不良反应，特别是长期、大量使用时更甚，对儿童不宜使用。